Śmierć biologiczna całego ustroju następuje po rozpoczęciu procesu autolizy i gnicia.
AUTOLIZA
Autoliza jest procesem, w którym komórki ciała oraz narządy wewnętrzne rozpadają się pod wpływem wewnątrzkomórkowych enzymów. Najszybciej (czasem już w kilka minut po zgonie) autolizie podlega mózg, następnie wątroba, nerki i kolejne narządy, takie jak trzustka żołądek i jelita. Potem rozkłada się mięsień sercowy, macica, gruczoł krokowy i tarczyca, węzły chłonne, ścięgna i chrząstki kości. Po upływie 2-3 godzin następuje hemoliza krwi (niszczenie erytrocytów), która z czasem (24-48 godzin) uniemożliwia bezpośrednie oznaczenie grupy krwi (przez pobranie). Wtedy też pojawia się brunatne zabarwienie błon tętnic i żył, gdyż zwiększa się przepuszczalność naczyń.
GNICIE
Następuje ono poprzez działanie bakterii gnilnych, które bytują w organizmie człowieka, np. na skórze czy w przewodzie pokarmowym. Procesy te są uzależnione od temperatury panującej w pomieszczeniu i wilgotności powietrza, są zmienne i nie zawsze występują w tej samej konfiguracji.
W klimacie umiarkowanym po ok. 12-36 godzinach pojawia się zielonkawe zabarwienie skóry w okolicy prawego biodra, które stopniowo obejmuje skórę brzucha, a następnie całe ciało. Gdy bakterie przedostaną się do układu krwionośnego, proces gnilny następuje bardzo szybko. Na skórze można zaobserwować tzw. smugi dyfuzyjne, czyli siatkę pasm naczyń o brunatnym zabarwieniu.
Po upływie 60-72 godzin po zgonie pojawia się duża ilość gazów gnilnych powodujących rozdęcie zwłok.
W ciągu 2-4 lat następuje zupełne zeszkieletowanie zwłok, pozostają kości pokryte okostną oraz chrząstki. Po 5-10 latach kości stają się pozbawione tłuszczu i okostnej. Stopniowa erozja i rozkruszenie cienkich blaszek kostnych następuje w dalszym procesie trwającym setki lat.
Przeobrażenia i utrwalanie zwłok
Jeśli proces rozkładu zwłok z pewnych przyczyn zostanie zahamowany, dochodzi do utrwalenia tkanek miękkich. Czynnikami wpływającymi na powstrzymanie procesu gnilnego są np.: niska temperatura (poniżej 4° C), która zapobiega rozmnażaniu się bakterii gnilnych (przechowywanie ciała zmarłego w chłodni czy na mrozie); środki chemiczne, jak formaldehyd, które wprowadza się do naczyń krwionośnych w celu zabalsamowania zwłok.
Przeobrażenie ciała zmarłego może wystąpić jako strupieszenie i przeobrażenie tłuszczowo-woskowe.
STRUPIESZENIE
W środowisku suchym i przewiewnym, w którym panuje w miarę wysoka temperatura, ciało zmarłego ulega strupieszeniu, gdyż wysychają narządy wewnętrzne. Jego skóra staje się twarda i ciemnieje, czasem aż do koloru czarnego. Zwłoki stają się lekkie i kruche, a proces gnilny zostaje zatrzymany. Takie przeobrażenie może trwać ok. kilku tygodni, w zależności od warunków przebywania zwłok (np. na pustyni).
PRZEOBRAŻENIE TŁUSZCZOWO-WOSKOWE
Gdy ciało przebywa w środowisku wilgotnym i z niewielkim dostępem do tlenu, a temperatura otoczenia jest niska, może dojść do tłuszczowo-woskowej przemiany zwłok. Najczęściej ten proces następuje, gdy zmarły przebywa dłuższy czas ( 2-3 miesiące) w głębokiej wodzie lub wilgotnej piwnicy, a jego tkanka tłuszczowa jest dostatecznie duża. Plastyczna tłuszczowo – woskowa masa uwidacznia się na powierzchni ciała, łatwo wysycha i staje się krucha. Nadaje to zwłokom wygląd jakby posypanych gipsem czy wapnem. Pełne przeobrażenie tłuszczowo-woskowe zwłok następuje po kilku latach przebywania w odpowiednich warunkach.